Sequencher是一款专业强大好用的DNA序列拼接和分析软件，内置了拼接算法，拥有强大的序列编辑工具，具有ORF分析、蛋白翻译、酶切位点作图、杂合子识别等多种功能，可以广泛地应用于各类工程领域，包括杂合子和SNP的检测和分析，cDNA到染色体DNA的大型间隙对准，比较排序，对置信评分的支持、ORF转换等，并且还支持自动分析和对数据批处理操作，有需要的用户欢迎下载。

Sequencher安装教程

1、解压安装包，运行“Sequencher 5.4.5.exe”根据提示完成原程序的安装

2、打开“AMPED”目录，运行“SequencherServer.exe”，根据提示完成许可程序的安装

3、安装完成后，进入C:\Program Files (x86)\Gene Codes\Sequencher Server目录，运行“Stop RLM Server.bat”停止服务

4、然后将“AMPED”目录下的补丁复制入内，覆盖源文件

5、覆盖后运行“Start RLM Server.bat”，重新启动服务

6、运行桌面快捷方式，弹出窗口点击第二项“Activte Sequencher”

7、载入许可目录下的“genecodes.lic”即可完成破解

主要功能

1.SNP 检测

使用 Sequencher 来进行比较对准以便鉴别和报告 SNP 以及突变。例如，调用第二峰..功能分析你的所有序列以寻找潜在的杂合子。你可以控制定义一个杂合子的严格度。你可以从一个杂合子跳到下一个，而仅仅需要在 Base View 里面按一下空格键。你还可以观察一致及其参考序列的转换。一致及其参考序列的区别会列在一个可导出的表格内。参考序列确保从一个装配到下一个装配时，SNP 的数目保持一致。

2.序列装配

Sequencher 的装配算法可以将你的 DNA 片断快速而又准确的装配起来。自觉的工具允许你在数秒内就可以设置好参数并且调整它们。你完全可以不顾方向的装配序列。Sequencher 会比较前端和反转补体方向来装配最可能的 Contig。

3、序列编辑

Sequencher 能够给你足够的信心认为一个序列是绝对正确的。你可以只观察一个序列的色谱图，你也可以从前端或反方向同时查看多个对齐的色谱图。 在你的已对齐数据中滚动是很容易的。你可以使用 Sequencher 的选择工具来高亮不一致或者低质量的区域。

4.自动分析

Sequencher 可对你的数据进行批处理，这个过程是透明、用户可定义、可恢复的，并且 Sequencher 从不为了自动化的目的而破坏你科学结论的正确性。

当你工作在多个序列时，Sequencher 可以：

(1)调用第二峰

(2)调整矢量

(3)调整低质量的尾端

(4)创建一致序列

(5)恢复到实验数据

Sequencher 总是管理两份数据，一份编辑过的，一份则是原始的导入数据。当你应用“Revert to Experimental Data”命令到在你项目中已选定的序列或者在一序列中的选中部分时，你可以撤销所有或者部分编辑动作。

(6)自从 4.5 以后，Sequencher 就包含了一个新的自动化工具，“Assemble by Name”。依靠“Assemble by Name”，你可以选择片段名的一部分作为一个共享的标识符，或者说是“装配句柄”。Sequencher 就可以将选择和名字自动转换为 Contig。例如，仅仅通过一个按钮的点击，你就可以将 90 个文件，45对前端和反向序列转换成 45 个根据你的病人编号命名的 Contig。装配参数的每个变化都会重组你的片段，因此你可以根据克隆编号、日期、引物，或者其他任何你记录在序列名称中的特征，来装配 Contig。

5.矢量调整

自动排序器以基础调用错误生成结果。从 DNA 库克隆的序列通常包括矢量序列、polyA 尾，或其他不相关序列。内含子和引物序列通常会和放大的外显子序列侧面相连。不调整的话，这些污染物会扭曲你的装配和下游分析。 Sequencher 允许你调整低质量或者含糊的数据。“Trim Ends”将令人误解的数据从序列片段的尾部去除。“Trim Vector”将污染序列尾部的特定序列数据移除。“Trim to Reference”剔除超出装配参考序列的序列尾部。